宇宙船のシステムはBtSで大幅に刷新された。変更点は以下の4つ。
以下詳細。
宇宙船の完成は無印とWLでは勝利を意味したが、BtSでは王手に過ぎない。宇宙船を発射し、10～20ターン後に目的地に到達して初めて宇宙勝利が達成される。さらにこの間に首都を他国に占領されると宇宙船が爆発してミッション失敗となる。従って宇宙船開発で先行しても軍備をおろそかにしていれば勝利は危ういし、逆に後塵を拝していても武力で先行者をねじ伏せる道は残されている。
無印・WL時代には宇宙船完成に必要な部品点数は固定されていた。 BtSでも発射に最低必要な部品は決められているものの、追加の外殻やエンジン・スラスターによって性能向上を図ることができる。
| 部品数 | 無印・WL | BtS |
| 生命維持装置 | 1 | 1 |
| 冷凍冬眠室 | 1 | 1 |
| 操縦室 | 1 | 1 |
| ドッキングベイ | 1 | 1 |
| 外殻 | 5 | 1～5 |
| エンジン | 1 | 1～2 |
| スラスター | 3 | 1～5 |
外殻の数は宇宙船が無事に目的地へ到達できる確率に影響する。失敗の場合はケンタウリ到着予定ターンに爆発して失われる。
| 外殻の数 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 |
| 成功確率 | 20% | 40% | 60% | 80% | 100% |
一方、エンジンとスラスターは宇宙船の速度に影響する。どちらも貢献度は同じ。
| エンジン・スラスターの合計数 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 |
| 到達までのターン数 | 20 | 18 | 16 | 14 | 12 | 10 |
なお、1文明が同時に所有できる宇宙船は1隻まで。第2号の建造が出来るのは1号が何らかの形で失われた後である。
スパイユニットを使って他国が建造した宇宙船の部品を破壊できる。破壊ミッションを実行するには対象文明のいずれかの都市にユニットを送り込めば良い。どの都市でも全ての完成した部品が選択肢に上る。必要コストの基本値は対象部品の生産コストの6倍で、建造物の場合と同じである。